Rozhovor s profesorem Holčapkem: Mezioborová spolupráce je pro výzkum v oblasti přírodních věd naprosto klíčová

Vaše práce se zaměřuje na hmotnostní spektrometrii a lipidomickou analýzu, zejména na identifikaci lipidových biomarkerů pro včasnou detekci rakoviny. Jak důležité je ve Vašem výzkumu sdílení dat a mezioborová spolupráce?

Mezioborová spolupráce je pro výzkum v oblasti přírodních věd naprosto klíčová. Prakticky žádná laboratoř dnes nedokáže pokrýt všechny potřebné expertízy, a proto potřebujeme spolupráci mezi analytickými chemiky, biology či lékaři, abychom mohli dosáhnout skutečně zásadního posunu ve výzkumu. Co se týče komplexních dat, každá omická technika generuje určitý specifický formát dat. Následně se snažíme pomocí multiomické integrace tato data propojit a převést do biologicky smysluplných závěrů. To je mimořádně náročný a komplikovaný proces.

Může být sdílení a opětovné využití vědeckých dat jedním z faktorů, které urychlí rozvoj lipidomiky a její aplikaci v moderní medicíně?

Možnost opětovného využití dříve získaných dat má výhodu v tom, že zatímco v současnosti z nich nedokážeme některé závěry získat, v budoucnu, s pokrokem v daných vědních disciplínách a bioinformatice, se může ukázat, že právě tato data umožní nové a hodnotnější poznatky, které dnes ještě nejsou dosažitelné. Tento postup je shrnut v tzv. FAIR principech pro správu a sdílení vědeckých dat.

Spolupracujete s vědci z Německa, Rakouska, Singapuru a dalších zemí. Jak v rámci těchto mezinárodních spoluprací funguje sdílení dat mezi vědeckými týmy? Jaké jsou největší překážky v efektivní výměně dat?

Každá země má trochu jiný přístup, ale spíš než rozdíly mezi státy jsou důležité konkrétní týmy a jejich kultura spolupráce. Důvěra mezi partnery je zásadní – pokud si věříme, data sdílíme bez problémů, ale samozřejmě bývá zvykem spolupráci ošetřit i právním způsobem, jako např. využitím NDA (Non-Disclosure Agreement) nebo MTA (Material Transfer Agreement).

Jak podle vás současný systém hodnocení vědecké práce ovlivňuje směr výzkumu?

V současném systému hodnocení vědy se už nehodnotí pouze kvantita a bibliometrické údaje, což někdy mohlo vést k nešťastným postupům některých týmů, které se soustředily na generování enormního počtu publikací u predátorských vydavatelství s pochybnou kvalitou recenzního řízení. Nyní se mnohem větší důraz klade na kvalitu daného časopisu i kvalitu konkrétního článku, při hodnocení se též přihlíží k pozici autora v autorském týmu, aby bylo možné objektivněji posoudit přínos konkrétního vědce. Samozřejmě neexistuje žádný absolutně dokonalý systém hodnocení, ale z mojí zkušenosti v panelech grantových agentur jako GA ČR nebo ERC můžu říct, že se věnuje velká pozornost tomu, aby hodnocení kvality vědce i grantových návrhu bylo co nejlepší. Vědec by měl být nezávislý na způsobu hodnocení a ve své práci by ho neměl zohledňovat, ale měl by se snažit pochopit a popsat podstatu studovaného problému co nejlépe dokáže.

Vědecké publikování se potýká s řadou výzev, od vysokých poplatků za publikace až po otázky spojené s kvalitou recenzního řízení. Jaké změny byste si v tomto systému přál vidět?

V minulosti jsem za největší chybu ve vědeckém publikování považoval zavedení modelu Open Access časopisů, což následně vedlo ke vzniku velkého množství tzv. predátorských nakladatelství a časopisů. Tato nakladatelství mají značný profit z toho, že vybírají poplatky za Open Access publikace, které jsou mnohdy zveřejněny po nedostatečném nebo dokonce zcela pochybném recenzním řízení. Z mého pohledu je to jeden z nejzásadnějších problémů a deformací vědeckého prostředí. Přál bych si, aby k něčemu takovému nikdy nedošlo – a dnes už jen doufám, že chyby vzniklé díky zavedení tohoto modelu se podaří překonat zdůrazňováním nezbytnosti upřednostňovat kvalitu před kvantitou.

Iniciativy zaměřené na otevřenou vědu a sdílení dat stále více propojují vědecké komunity napříč Evropou. Jaký dopad má podle vás budování společné datové infrastruktury na výzkum a mezinárodní spolupráci?

Sdílení vědeckých informací je samozřejmě cestou, jak efektivněji využít prostředky daňových poplatníků pro urychlení pokroku ve vědě a výzkumu. Důležité je zajištění rovného přístupu všech vědců k těmto infrastrukturám, aby nedocházelo k tomu, že jsou zvýhodňováni vědci z prestižnějších institucí nebo zemí, zatímco ostatní zůstávají mimo.